also mein prob is (relativ) simple: Map has grown to complex.
Wenn ich nu zB 5 Brushes zu einem prefab mache und sie durch das prefab ersetze, sind diese 5 crushes dann nur 1 brush?

Nein, die bleiben alle so wie sie sind.
Wenn das nicht so wär, gäb es Probleme beim Compilen von Maps mit Prefabs die komplexe formen hätten.